В данной статье приводится теоретический анализ познавательных трудностей учебного материала в обучении младших школьников, а также рассмотрены различные причины неуспеваемости школьников, в качестве решения данных затруднений, предлагается использование нейропсихологического подхода, который позволяет осуществить системный анализ состояния высших психических функций, а также выделить сильные и слабые стороны, компоненты развития высших психических функций, и в дальнейшей перспективе строить оптимальные научно-обоснованные методы коррекционно-обучающего, коррекционно-развивающего, или восстановительного обучения. Статья содержит описание проведенного исследования, которое было организовано с обучающимися вторых классов, и предполагало оценку имеющихся трудностей обучения у младших школьников, с помощью анализа экспертной оценки учителей второклассников, а также анализа продуктов деятельности учащихся, которые включали в себя письменные работы, контрольные тестовые задания. Проведенное исследование позволило выявить группы детей, имеющих неоднородную выраженность учебных трудностей: успешных в обучении, вторая группа учеников с парциальными трудностями в усвоении необходимых навыков, требующих для успешного обучения по отдельным учебным предметам, и группа детей с комплексными трудностями обучения, проявляющимися в систематических ошибках при выполнении разной направленности учебных заданий. В статье приведены выводы, обобщающие наиболее типичные трудности обучения у второклассников, которые образуют комплекс проблем и проявляются в различных вариациях.